El diseño exterior del iPhone SE es prácticamente idéntico al del iPhone 5s (exceptuando los bordes ahora con un acabado mate, el símbolo de Apple de acero y el logotipo SE impreso debajo de la palabra «iPhone»), mientras que los componentes internos son tan avanzados como los del iPhone 6s aunque su rendimiento es mayor debido al menor tamaño de la pantalla.​ Los colores de este modelo son plata, gris espacial, oro y oro rosa. También se confirmó por parte de Apple que las carcasas diseñadas para los iPhone 5 y 5s pueden ser usadas con el iPhone SE, dado que como se dijo antes, los tres modelos comparten exactamente las mismas medidas.